Tác phẩm văn học Nhật đầu tiên mang nội dung đồng tính nữ là của Nobuko Yoshiya, một tiểu thuyết gia sống trong thời kì Taishō và Shōwa ở Nhật, và là tác phẩm thuộc dạng "Class S genre" đầu tiên của thế kỉ 20. Những câu truyện trong tiểu thuyết của bà nói về mối quan hệ lesbian, thậm chí là "platonic relationship" trong trường học, hôn nhân và sau khi chết. "Class S story" thường được dùng để nói về mối quan hệ giữa các nữ sinh, một mối quan hệ giữa học sinh lớp trên và học sinh lớp dưới.

Trong thập niên 70, Yuri bắt đầu xuất hiện trong các shōjo manga, ban đầu chỉ là giới thiệu, vẽ lại một số nhân vật lesbian trong các tác phẩm văn học đầu thế kỉ 20. Những tác phẩm có genre yuri ban đầu này có đặc trưng với 2 nhân vật chính: một phụ nữ tương đối lớn tuổi với một nhân vật trẻ và vụng về. Trong những tác phẩm này, hai nhân vật thường có những mối quan hệ bất hòa giữa 2 gia đình, tuy nhiên những tin đồn về mối quan hệ lesbian giữa họ được xác thực và 2 nhân vật gặp phải những scandal, rắc rối. Kết thúc của các manga này thường là tragedy và nhân vật nữ lớn hơn thường chết vào cuối truyện. Nói chung, yuri manga trong giai đoạn này không thể tránh khỏi được những kết thúc bi kịch, có thể lấy ngay tác phẩm manga đầu tiên nói về mối quan hệ lesbian, Shiroi Heya no Futari của tác giả Ryoko Yamagishi làm ví dụ. Đó cũng là giai đoạn mà Shōjo manga bắt đầu xuất hiện phong cách mới với sự thay đổi giới tính và với những nhân vật nữ có cách ăn mặc như nam giới, đôi lúc khiến người đọc lầm tưởng những nữ nhân vật này là nam, như trong Takarazuka Revue. Cách vẽ này càng được thể hiện rõ ràng trong các tác phẩm của Riyoko Ikeda, đặc biệt là trong các tác phẩm The Rose of Versailles, Oniisama e... và Claudine...!. Một vài các tác phẩm manga shōnen trong giai đoạn này, ví dụ như Cutie Honey của Go Nagai, cũng vẽ các nhân vật nữ lesbian, tuy nhiên chúng thường được ví như các tác phẩm fanservice hoặc comic relief.

Sang đến thập niên 1990, bắt đầu có những sự thay đổi trong cách vẽ các manga yuri. Một số manga, có thể lấy điển hình là Jukkai me no Jukkai của Wakuni Akisato, xuất bản năm 1992, bắt đầu có những cốt truyện linh hoạt hơn và bắt đầu thoát khỏi kết thúc tragic như các yuri manga thời kì trước. Những tác phẩm này tồn tại song song với các dōjinshi works, mà nổi bật nhất trong giai đoạn này là bộ truyện Sailor Moon, bộ manga và anime đầu tiên có cách nhìn thoáng hơn về các lesbian couple. Các tác phẩm hướng về phái nam như serie anime Devilman Lady với cốt truyện từ một seinen manga của Go Nagai, cũng bắt đầu có sự thay đổi cách nhìn "mature manner" hơn về lesbian themes. Tạp chí đầu tiên đặc biệt hướng về các mối quan hệ lesbian cũng được phát hành những số đầu tiên trong giai đoạn này, với các tác phẩm chính là các yuri manga. Các manga này có nội dung chính xoay quanh các cuộc tình lesbian trong trường học với những mức độ khác nhau. Cũng chính tại thời điểm này (giữa thập niên 1990), các tác phẩm lesbian-themed bắt đầu được chấp nhận.

Cuối thập niên 1990, tác phẩm Maria-sama ga Miteru của Oyuki Konno ra đời, đây là bộ yuri manga nổi tiếng nhất với số lượng bán luôn nằm trong top best-seller của thể loại Yuri tới tận 2004. Một trong những tác giả Yuri nổi danh trong thời kì này phải kể tới Kaho Nakayama, mangaka đã bắt đầu viết những yuri manga từ đầu thập niên 1990 với những tác phẩm nói về tình yêu giữa các nhân vật nữ. Vào khoảng đầu thế kỉ 21, tạp chí manga đầu tiên đặc biệt hướng tới các tác phẩm yuri manga chính thức được phát hành với những truyện được chia ra làm nhiều thể loại và mức độ khác nhau: những mối quan hệ tình cảm được dấu kín hoặc từ một phía như Voiceful hay những mối quan hệ rõ ràng hơn giữa nữ sinh trong First Love Sisters, hoặc thậm chí là mối quan hệ tình cảm lesbian ở mức độ cao hơn nữa trong một số tác phẩm như Rakuen no Jōken. Một số truyện cũng hướng về các độc giả nam trong thời điểm này, nhưng phần lớn thường được kết hợp với các themes khác, ví dụ như mecha hay khoa học viễn tưởng. Các tác phẩm có thể kể ra trong thời điểm này như Kannazuki no Miko, Blue Drop, và Kashimashi: Girl Meets Girl. Thêm vào đó, các truyện dành cho độc giả nam cũng bắt đầu sử dụng những thuật ngữ như "moe" và "bishōjo" characterizations.